เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม 2529 พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ ได้รับโปรดเกล้าฯ ให้ดำรง ตำแหน่งนายกรัฐมนตรี หลังจากนั้น นายอำนวย สุวรรณคีรี ได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีประจำสำนักนายก รัฐมนตรี รับผิดชอบควบคุมดูแล องค์การสวนสัตว์ได้มีนโยบายจัดตั้งสวนสัตว์ทั่วทุกภาค สำหรับภาคใต้ ได้คัดเลือกสถานที่ที่จังหวัดสงขลา บริเวณเขารูปช้าง ตำบลเขารูปช้าง อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา (บ้านสวนตูล) ดำเนินการจัดตั้งสวนสัตว์ยังไม่แล้วเสร็จ เนื่องจก ฯพณฯ พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ได้ประกาศพระราชกฤษฎี การยุบสภาผู้แทนราษฎร ในปี 2531

      โครงการสวนสัตว์สงขลา เป็นโครงการ 10 ปี โดยระยะแรกรัฐบาลให้เงินอุดหนุน 120 ล้านบาท โดยเริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี 2532-2541 มีสิ่งก่อสร้างได้ดำเนินการไปแล้ว คือ สาธารณูปโภคพื้นฐาน อาคารสำนักงาน อ่างเก็บน้ำ เรือนเพาะชำ และสถานที่จัดแสดงสัตว์ป่าชนิดต่างๆ ซึ่งปัจจุบันได้ทยอย นำสัตว์ต่างๆ เข้ามาแสดงให้ประชาชนชาวสงขลาและจังหวัดใกล้เคียงได้ชม เช่น สมเสร็จ กระจก อูฐ ลามา ยีราฟ หมี เสือ ชะนี กวาง ละมั่ง เก้ง นกสวยงาม เช่น นกแก้ว นกมาร์คอว์ นกคลาสโซวารี นกฟลามิง โก และสัตว์อื่นๆอีกมากมาย

      สวนสัตว์สงขลา เริ่มเก็บบัตรผ่านประตูตั้งแต่วันที่ 18 กันยายน 2541 เป็นต้นมาและทำพิธีเปิด อย่างเป็นทางการ ในวันศุกร์ที่ 3 ตุลาคม 2541 โดย ฯพณฯ พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ องค์ประธาน ในพิธี